分子进化的主要研究内容

起因

为什么我会想着专门把这个放出来呢？因为是去年在学习生信的过程中碰到了很多名词，比如说“保守”、“同源”、“进化树”等等。虽然在维基上可以查到很详尽的解释，但是这些知识仍然很难成为体系，之间很难产生联系

在进化生物学的课程上刚好讲到了这些，我觉得还是很有必要进行总结，对日后生信分析的思路和算法优化还是很有帮助的

但显然将这些知识完全体系化还是存在难度的，不过没关系——就从现在满满开始吧

内容

1. 经典进化和分子进化的区别
   1. 经典进化：表型
   2. DNA、RNA、蛋白质分子
2. 分子进化的一些术语
   1. 一致性（identity）：两个序列中完全相同的部分（保守）
   2. 相似性（similarity）：特征相像，但是来源不明确（理化性质相似，对蛋白质性质影响不大）
   3. 同源性：来自于同一个祖先
   4. 如果两个基因或蛋白质的序列一致性或相似性很高
      1. DNA的一致性60%以上
      2. 氨基酸的一致性30%以上
      3. 它们具有相同或相似的生物学功能
      4. 同源
         1. 直系同源：随着新物种的产生而产生的同源基因（纵向）
         2. 并系同源：由基因的重复而产生的同源基因（横向）
3. 分子演化速率的计算
   1. 蛋白质（氨基酸）水平的演化速率
      1. 必须有两个或两个以上的同源序列，氨基酸代替速率是相对的
      2. 每个氨基酸就是一个位点，空位不算
   2. 分化的时间越短，差异越小
   3. 分子钟（匀速演化