Day0 内蒙古之旅——出发!前言在今年国庆期间,我和一位朋友来到了海拉尔
我是从北京出发,乘坐K1301次列车,坐了大概28个小时
路上穿过河北、辽宁、吉林、黑龙江,欣赏了很多别样的风景,列车员阿姨很有意思,我喜欢喊她姨,她特别热情
夜晚到达酒店办好入住之后我们到外面吃了小火锅,肉确实挺多,回来路上我们顺带走了走,就看到下面的风景:
Day1 内蒙古之旅——呼伦贝尔大草原特辑出行我们住的酒店在海拉尔市区,离呼伦贝尔景点大概有25公里。在从海拉尔火车站到酒店的过程中我们其实就已经问过出租车师傅了,他告诉我们想去呼伦贝尔草原只有两种办法——租车自驾或者组团去,打车太贵了(这里埋个伏笔
还是感慨一下居然没有往返市区和景点的公交
自驾我不是很敢开车,组团我们觉得不是很自由,而且来之前我们酒店就已经定好了,我们不想改变原来的行程,当时我有一种我们可能去不了了的感觉
事情的转机发生在我们到海拉尔的第二天早上
当时我们去到了当地的一家比较有特色的早餐店,人比较多,我们和另外两个广西的老哥拼了桌。在等餐的过程中,他先问我们准备去哪里,原本我们准备去海拉尔国家森林公园,然后老哥就说他们准备去大草原,我又问他们准备怎么去,他就告诉我他们租了个车,自己开车去
这时候我们来兴趣了,我就问能不能搭他们的顺风车,然后和他们一起AA车费,结果出乎意料的是老哥欣然答应了,但是只能带我们去,他们要去另外的地方
这时候我还是有点犹豫的,类似于“有去无回”,但是我想如果这时候不去可能之后就没机会去了,便和我另外一个小伙伴决定去,回来的事情之后再说!
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分子进化的主要研究内容起因为什么我会想着专门把这个放出来呢?因为是去年在学习生信的过程中碰到了很多名词,比如说“保守”、“同源”、“进化树”等等。虽然在维基上可以查到很详尽的解释,但是这些知识仍然很难成为体系,之间很难产生联系
在进化生物学的课程上刚好讲到了这些,我觉得还是很有必要进行总结,对日后生信分析的思路和算法优化还是很有帮助的
但显然将这些知识完全体系化还是存在难度的,不过没关系——就从现在满满开始吧
内容
经典进化和分子进化的区别
经典进化:表型
DNA、RNA、蛋白质分子
分子进化的一些术语
一致性(identity):两个序列中完全相同的部分(保守)
相似性(similarity):特征相像,但是来源不明确(理化性质相似,对蛋白质性质影响不大)
同源性:来自于同一个祖先
如果两个基因或蛋白质的序列一致性或相似性很高
DNA的一致性60%以上
氨基酸的一致性30%以上
它们具有相同或相似的生物学功能
同源
直系同源:随着新物种的产生而产生的同源基因(纵向)
并系同源:由基因的重复而产生的同源基因(横向)
分子演化速率的计算
蛋白质(氨基酸)水平的演化速率
必 ...
碎碎念今天是国庆节,先祝祖国75岁生日快乐
不出意外的话我又失眠了,在这几天里我几乎都是每天凌晨两点多钟才睡着,然后七八点醒过来,之后等课上完或者下午继续睡觉
说实话对于这种模式其实我个人并不会感到特别痛苦——除了晚上睡不着的时候会很不舒服,但其实这种睡不着有多方面的原因,其实我个人感觉舍友的呼噜是其中占比算小的部分
我其实觉得我把手机带上床至少得背一半的锅,偷偷摸摸搞手艺活反而对睡眠造成了一些不好的效果。宿舍的床也是我睡不好的重要原因之一——我来北京几乎没有睡过很好的觉,宿舍的床又小又硬,忽然觉得舅舅家的软床很有安全感,尤其是枕头,我整个人几乎可以完全被包裹进去
在高中的时候其实我就有过一些入睡困难的“症状”,经常半夜辗转反侧,等到天亮鸡鸣的时候自己又醒过来,尤其是在考试前这种状况尤为明显,基本上我只要考试前一晚没睡好那么这次考试就基本寄了(也算是一种很另类的心理暗示
与夜晚的睡眠恰恰相反的是,我在白天的睡眠出奇的好,不管是回笼觉还是下午的午睡。如果算上白天的睡眠,那么我的总睡眠时长能达到七八个小时(其实也算是正常了
我其实还是有点担心自己的身体状况的,还是想多活几年好好感受一下世界 ...
进化生物学前言进化(演化)生物学的学习已经快过半了,目前笔记已经上传到notion中:《生物进化学》(Evolutionary Biology)这门课的深度还是存在的,但在我看来,其中最核心的其实可能在于对进化这个动词的理解,这其中也有我个人对于人类这个种群的一些思考
什么是进化?可能在很多不进行系统生物学学习的人看来,进化给人一种“先进”的意思,从“低等”再到高等。但其实“进化”这个词——“Evolutionary”翻译为“演化”可能更为恰当,它是从种群的角度看待物种的产生、发展和衰退的这样一个过程
人类总喜欢赋予“进化”以意识形态,比如说我们人比所谓“草履虫”等原核生物更加“高级”,但实际上这种说法是不正确的,不客观的。
我认为以“演化”为动词可能更加准确,也避免了人们产生误解
进化生物学的发展实际上在达尔文之前已经有很多科学家都在探讨“进化”这个话题,比如说柏拉图、亚里士多德等等学者,但他们所提出的观点大多都不完整,依靠或者借助“上帝”来试图解释人的形成
第一位系统提出进化理论的人是拉马克,他代表了18世纪进化生物学的巅峰。在高中的时候我们其实学过拉马克学说,当时他的“用进废退” ...
fofa的使用与防护fofa是个啥
FOFA是一款网络空间测绘的搜索引擎,旨在帮助用户以搜索的方式查找公网上的互联网资产。https://fofa.info
简单来说,FOFA的使用方式类似于谷歌或百度,用户可以输入关键词来匹配包含该关键词的数据。不同的是,这些数据不仅包括像谷歌或百度一样的网页,还包括像摄像头、打印机、数据库、操作系统等资产。
网络空间测绘可以被认为是网络空间的“地图”。就像谷歌地图或高德地图通过卫星图像对地形进行测绘,网络空间测绘也是通过技术探针对全球网络资产进行探测。
然而,网络空间分为公网和内网。FOFA主要针对公网上的资产进行探测,类似于谷歌地图上的建筑物(IP地址),虽然可以看到建筑物的外部结构和规模,但无法了解内部的情况。这是因为侵犯内网的隐私是违法的。
你可以将fofa理解为网安界的Google search,你可以通过一些特定的语法来获取特定的信息,比如说对应的IP或者端口
对于专业的网络安全人员,可以使用fofa来搜寻潜在的网络漏洞;对于个人用户来说,可以在合法的前提下使用fofa来寻找一些“有意思”的东西
fofa使用fofa的官网:https: ...
深入思考
未读我们是何时失去探知欲的晚上回宿舍的时候突然想到以前的事情,遂写下这篇蓄谋已久但是从未动笔的文章
小时候家里喜欢种花花草草,我记得种得最多的是吊兰,第一株是从楼下花坛里面移栽过来的,我家在南方,有一年南方的冬天特别冷,然后我怕它冻死,就从热水器里面接了热水,然后浇了进去。可能在现在看来这个想法让人有点啼笑皆非,但是当时的我觉得这是一个“很好”的办法(有可能是小朋友对大自然的同情心
好在吊兰在我的“毒手”下熬过了那个冬天,之后在枝条上长出了“气根”,这时候只要把它剪下来就可以重新移植了
我当时做了一个很有意思的尝试,拿了很多个塑料杯,然后把剪下来的小吊兰放到杯子里面,将里面泡上水。等到很多年会想起这件事的时候,才发现原来这叫做“水培”,属于是“歪打正着”了
在我大概读四五年级的时候,我去了一趟广州,在当地的商场里面看到了一本对我成长影响还挺深刻的书,《科学实验王》
可能这个名字在现在可能听着会让你觉得有些尴尬或者说想找个地缝钻进去,但是对于只有10来岁的我来说,这本书的的确确是很具吸引力的
当时的我可能很难明白里面的一些概念,比如说“氧化还原”、“叶绿素的萃取”等等,但是对于我来说这 ...
感觉很少能有东西能让我感兴趣,游戏也好,技术也好,摄影也好,专业也好我不知道是不是气候的原因,整个人变得懒懒的,很嗜睡尤其是舍友早上五六点的时候喜欢打呼噜,导致我很容易被吵醒,变得更加嗜睡,易怒他们忽然间说我变成熟了,我很难说是不是真的变成熟了,我感觉自己对一些事情似乎慢慢淡然了,感情也好,其他也罢我没有很想赢只是不想输
基于Golang和Docker图像无损压缩方案
本项目已经开源到了Github上:composeImage,如果对你有帮助欢迎Star!
前言笔者的NAS中存有大量的高清图片,这些图片占据的大量的空间,导致笔者的存储空间吃紧,同时文件空间太大不利于传输和分享,只能一个人存到本地太不够意思了。
因此我必须想出一种高效的方式来压缩图片,使其便于存储和发送,这时候我就想到了使用webp这种格式
笔者之前很喜欢用Python,因为它简单易用,但是这次要处理大约4万张图片,Python的性能确实不太够。这时候我想到了Golang,它同样简单易用,而且性能优异,还可以进行静态编译,我何乐而不为呢?
具体实现首先我们要明确需求:
能实现jpg和png格式的自动转换
能监控文件夹,如果监测到文件夹内存在文件变动则自动继续转换
重启后对已经转换过的文件不再继续转换,自动跳过
性能尽量要好,使用高并发,多线程
之后我们就可以按照上面的需求开始写了,实际上写的过程很简单,我是直接丢给GPT进行写的,但是在这过程中存在一个问题,笔者是ARM Mac用户,而NAS是基于x86的,那么就必须使用交叉编译或者 ...
Sanger 双脱氧链终止法
双脱氧链终止法(英语:dideoxyribonucleotide [簡稱 dideoxy] chain-termination method),又称桑格法(英语:Sanger method),为一种常用的核酸测序技术,用于DNA分析,由英国生物化学家弗雷德里克·桑格于1977年发明。双脱氧链终止法与化学降解法以及其衍生方法统称为第一代DNA测序技术,为人类基因组计划所使用主要测序方法。
原理双脱氧链终止法采用DNA复制原理,常见的DNA复制体系使用单脱氧核糖核苷酸,其核苷酸的3’能与其他核苷酸的5’结合形成磷酸二酯键,即手拉手形成DNA骨架。
经过改造后的的ddNTP,其3’的羟基被脱去,失去与5’脱水缩合能力,从而在此形成断链,中止DNA链的延伸。此外这些ddNTP上还连接有放射性同位素或者荧光基团,能被仪器捕获到。
以下是一些最常用的带有荧光基团的ddNTP:
测序过程体系
单链DNA模版
Sanger测序法的经典测序反应是将靶DNA片段克隆于 M13mp载体,从重组克隆噬菌体颗粒中分离得到单链DNA模板,再按Sanger 法进行测序。
DN ...